La chiesa, risalente all’epoca greco-bizantina, presenta una forma a croce greca inscritta che la rende l’unica di questo tipo in tutta la Sardegna. All’interno sono conservate delle iscrizioni in greco antico, di cui oggi rimangono solo alcune parole in quanto a seguito di lavori di restauro del 1919 il resto andò perduto. Dalle poche parole rimaste è possibile datare la chiesa all’VIII secolo.
La prima documentazione storica di Assemini e della chiesa di S. Giovanni è risalente all’inizio del XII sec quando la Sardegna si trovava in mano allo Stato Pontificio. Il 18 giugno del 1107 venne stipulato un accordo tra Genova ed il giudice cagliaritano, Tokitorio II, in favore del capitolo della chiesa genovese di S. Lorenzo, che fu la beneficiaria dell’accordo. Si cede da parte del giudice cagliaritano la donikalia di Arsemine e tutti i suoi abitanti, nel documento dell’accordo vengono elencati, perché nessuno di questi possa sfuggire al cambio di padrone, i nomi dei capi famiglia in cui viene aggiunta la formula il testo in latino che dice “ con moglie e tutti i figli e figlie”. Si tratta un documento eccezionale che ci permette di conoscere i nomi di questa antica comunità. Nel 1108 il “Judike Mariane”, che si fregia del titolo di Torkitorio II, deve cedere alla Chiesa maggiore di S. Lorenzo di Genova anche la chiesa di San Giovanni.
