La chiesa ha origini precedenti al XVIII secolo, e risulta ricostruita a spese del nobile don Gaetano Cardia nel 1758 come dichiara in un inventario del 1761 il vicario parrocchiale Antonio Armas. Il vicario riporta che “Nel 1758 si riedificò nella località chiamata “il castello dell’ Acquafredda” la chiesa dedicata a santa Margherita vergine e martire. È costituita da una navata, il suo tetto è in tavole e tegole, è larga 21 palmi, alta 23, lunga 551; ha una porta nella parte anteriore, il suo campanile ordinario senza campana, ne’ scala; non ha dote ma si riedificò a spese del no- bile don Gaetano Cardia, che si interessa della festa la quale si celebra la quarta domenica di settembre”. Dopo il restauro del 1947 l’edificio si presenta in forme gotico-catalane con facciata merlata che ricorda la chiesa di sant’Anna. Ogni anno, nella quarta settimana di settembre, vi si svolge la popolare sagra di Santa Margherita, con una processione che parte il sabato dal centro abitato di Siliqua sino alla chiesa situata ai piedi del castello.
