Verso la metà del XVI secolo, i Frati Minori Osservanti trasferirono la residenza dalla chiesa di Loreto e costruirono un nuovo edificio nella periferia cittadina. La costruzione del nuovo convento durò quasi due secoli, mentre la chiesa venne consacrata nel 1575.
Importanti lavori furono eseguiti tra il 1691-1696, quando il Convento venne adibito a Collegio Regionale per la formazione dei Missionari destinati all’estero. Al restauro e all’ampliamento del Convento corrisposero anche quelli della Chiesa. In base alla legge Rattazzi, il convento venne soppresso nel 1867 e adibito a caserma e poi a scuola. Nel 1936 la chiesa fu restituita al culto.
L’impianto della chiesa è a navata unica con cappelle sui due lati.
L’interno ospita lo straordinario altare in legno, dipinto in verde e oro zecchino: uno dei più belli e grandi dell’isola. L’altare venne iniziato dopo il 1691, grazie al contributo della nobile famiglia degli Arca, il cui stemma (con l’aquila bicipite) si può vedere sulla sommità. Di gusto moderno sono i vari affreschi opera del pittore di origine polacca Eugenio Bardsky (1979).
Il convento ha un chiostro porticato con pilastri su tre lati. I portici con volte a crociera mettevano in comunicazione le parti del monastero del piano terra: cucina, refettorio e cellarium. Al piano superiore erano ubicate invece la sala capitolare e il dormitorio. Tra le poche opere d’arte rimaste nel convento, risale alla fine del ‘700 l’affresco della volta dell’attuale sala conferenze, che rappresenta San Bonaventura con allegorie delle arti e delle scienze.
Nel 1982 sono stati eseguiti lavori di recupero del complesso conventuale che oggi ospita il Centro Culturale di San Francesco con la biblioteca comunale.
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