La chiesa di San Francesco, da sempre officiata dai Frati Minori Conventuali, Ordine fondato da San Francesco d’Assisi, si trova nel cuore del centro storico di Alghero insieme all’annesso convento, al chiostro e al campanile, che fanno di questo complesso monumentale un esempio unico nel suo genere.
Sorta probabilmente nella seconda metà del XV sec. su una precedente chiesetta, nel 1593 la chiesa subì un parziale crollo a causa di problemi statici legati forse alla presenza di falde acquifere sotterranee.
La chiesa di San Francesco, come si presenta attualmente agli occhi dei fedeli e dei visitatori, è il risultato di numerosi interventi conservativi e di restauro che hanno permesso di consolidare la struttura, riscoprire la volta stellare del presbiterio dagli intonaci settecenteschi, mettere in luce gli straordinari capitelli delle colonne gotiche.