Venne dedicata a San Sebastiano, martire cristiano protettore contro la peste, vissuto tra il 263 e il 304, forse per grazia ricevuta dai segariesi sopravvissuti alle epidemie di peste che si susseguirono in quegli anni.
Come lascito e possedimento ecclesiastico nella sua fondazione nulla per ora risulta di preciso, certo è che risale a parecchi secoli fa.
La sua denominazione di cappella lascia capire che anticamente la chiesetta del santo venisse utilizzata come cappella da qualche confraternita costituita o fondata in onore del santo martire, dove anticamente si svolgeva completamente la festa annuale.
Si trovava nell’attuale piazza San Sebastiano, in una piccola collina che domina il paese ad est chiamato Monte Lepre. Era lunga 17 metri, larga 4.20, alta 3,60 e pavimentata con pianelle sarde di Segariu.
Aveva due porte e tre finestre, un’unica navata e un campanile a vela; intorno alla chiesa vi era il cimitero, chiuso da un muro su tre lati e da una siepe di rovi nella parte che dava verso l’abitato.
La facciata presentava un terminale piatto sormontato da un campanile a vela a un fornice e da un grande portale architravato dotato di cornice, inoltre era divisa a specchi di grosse lesene perpendicolari appena sporgenti dalla parete; subito sopra l’architrave si apriva l’unica finestra semiovale presente nell’edificio, che probabilmente aveva anche funzione di scarico.
Da indagini effettuate risultano ancora le antiche fondazioni della chiesa, mentre del cimitero un piccolo tratto di muro addossato alle recinzioni delle nuove case.
Nel 1645 la chiesa di San Sebastiano, nel registro delle cresime, prende erroneamente il nome di chiesa parrocchiale.
Nel 1804 venne costruito l’altare dipinto a effetto marmo, a cura del sacerdote Luigi Gabriele, sormontato dalla nicchia per il santo e ai lati sono raffigurati due carcerieri (per alcuni sono i santi Cosma e Damiano) convertiti con le mogli.
Nel 1805 nella chiesa figliale si possono costruire altre tombe e si può seppellire.
Nel 1821 viene ordinato dal vescovo il completamento del muro di cinta; fino al 1880 nel sotterraneo denominato “Sa Tumba” si seppellivano a pagamento i notabili del paese.
Nel 1866 la chiesa e il cimitero divennero proprietà del comune e furono utilizzati per le sepolture e per la festa del Santo il 20 gennaio.
Nel 1934 si verificò la chiusura del cimitero col trasporto di alcune tombe e delle ossa nel nuovo cimitero.
Nel 1959 la chiesa fu dichiarata in rovina.
Nel 1968 la demolizione della chiesa avverrà negli ultimi mesi dell’anno.
Nel 1985 la costruzione della piazza.
Nel 2022 viene ricostruita a fianco alle antiche fondazioni.
