Fondata nel IV sec. su un’area cimiteriale, è una delle chiese più antiche di Milano. San Barnaba apostolo vi avrebbe battezzato i primi cristiani della città, come attesta la lapide sul fonte battesimale. E proprio perché Barnaba sarebbe entrato in Milano da Porta Ticinese, ancor oggi il vescovo che entra in Milano per prendere possesso della sua diocesi lo fa da Porta Ticinese.
In origine, la chiesa conteneva le reliquie dei Re Magi, poi trafugate e portate a Colonia durante la distruzione avvenuta ad opera del Barbarossa. Ricostruita in forma romanica, nel 1227 divenne, con l’annesso convento, la principale sede dell’Ordine Domenicano a Milano e assunse un ruolo decisivo nella vita religiosa della città. Nella bellissima Cappella Portinari, un’arca opera di Giovanni di Balduccio da Pisa accoglie le spoglie del domenicano san Pietro Martire.
Nei chiostri dell’annesso convento hanno sede il Museo della Basilica di Sant’Eustorgio e il Museo Diocesano Carlo Maria Martini. Scavi archeologici hanno portato alla luce l’antica chiesa e la necropoli paleocristiana.
