Il palazzo viene costruito alla fine del ‘400 per Antonio Costabili, segretario e ambasciatore di
Ludovico Sforza detto il Moro, marito di Beatrice d’Este.
Il progetto viene commissionato a Biagio Rossetti, impegnato nell’Addizione Erculea e in molti
cantieri nella Ferrara rinascimentale in pieno fermento. Già in origine si manifesta come una
dimora sontuosa, arricchita ulteriormente dalla realizzazione, nel 1503-06, del soffitto affrescato
della Sala del Tesoro, opera del Garofalo.
Dalla fine del XVI secolo, estintasi la famiglia Costabili, il Palazzo inizia una serie di passaggi di
proprietà, finché nel 1920 lo Stato lo acquista per destinarlo a sede museale per i materiali
archeologici trovati nella necropoli etrusca di Spina.
Dagli anni ‘90 del Novecento vengono realizzati nuovi interventi di restauro del palazzo,
dell’allestimento museale e del meraviglioso giardino formale, tuttora in corso.