Il Chiostro del Convento di San Mauro risale al 1680, quando Mons. Serafino Schiurru, nei testi spagnoli Esquirro, oltre ad ampliare la primitiva chiesa di San Mauro trasformandola in quella attuale in sei cappelle, ampliò anche l’adiacente piccolo convento, che era formato da un solo braccio con piano rialzato, dotandolo di altri tre bracci, costituendo così il chiostro delimitato da un quadriportico. Nel centro fu costruita una cisterna di raccolta dell’acqua piovana, che oltre ad essere strumento utilissimo per la provvista dell’acqua per le varie esigenze del convento, rappresentò anche un pregevole elemento estetico architettonico del chiostro.
Nella prima metà dell’800 l’edificio venne affrescato dal pittore genovese Luigi Barbes, lo stesso che affrescò la volta della Cappella del Crocifisso della Chiesa di San Mauro. Il chiostro subì seri danneggiamenti durante l’incursione aerea del 17 febbraio 1943, riparate dal Genio Civile nel 1948, mentre nel 1950 venne prosciugata e restaurata anche la cisterna.
Nel refettorio, attualmente sala per conferenze, è presente una piccola statua raffigurante un angelo, opera di Giuseppe Antonio Lonis, della stessa serie degli angeli presenti nella chiesa adiacente. Il chiostro rappresentò un elemento centrale del Convento dei Frati Minori che, sorto come semplice ospizio nel 1661 era diventato Convento formato, ossia con almeno 12 frati, e Casa di Noviziato, fino al XX secolo. Successivamente ospitò anche lo Studio di Teologia, divenne sede della Curia provinciale dei Frati Minori e ospitò l’Ospizio di Terra Santa, che di fatto evitò che il complesso religioso nel 1866 fosse incamerato dallo Stato, essendo l’Ospizio di Terra Santa un ente non compreso tra quelli soppressi, di cui vennero incamerati tutti i beni. Il complesso venne restituito ai frati nel 1879, dopo un’azione legale. Il convento attualmente ospita una comunità di giovani, fondata da Padre Salvatore Morittu, utilizzo che mantiene il valore tradizionale di luogo di aggregazione e socializzazione che possiede da sempre.
