La chiesa romanica di San Giovanni Battista è costituita da un’unica aula rettangolare, copertura lignea a capriate, presbiterio voltato a stella e cappella laterale con volta a crociera. Nei capitelli di presbiterio e cappella è possibile osservare le iconografie simboliche dei quattro evangelisti come ci vengono presentate nell’Apocalisse di San Giovanni: Matteo nelle vesti di un angelo, Luca di bue alato, Giovanni di aquila, Marco di leone alato.
L’area su cui insiste la chiesa vide frequentazioni a partire dall’epoca nuragica. Intorno al XIII secolo si sviluppò, infatti, nel rione di San Giovanni, un insediamento abitativo che perdurò fino alla conquista fenicia del paese nel VI secolo a. C. L’insediamento si estendeva fino al margine del Rio Flumineddu e deve interpretarsi come un nucleo di neoformazione ad opera di fuoriusciti del villaggio più antico di San Sebastiano, sito nella porzione occidentale dell’abitato. Dopo una parentesi in epoca romana, le evidenze archeologiche residenziali riprendono solo in epoca alto medievale (VIII – XII sec. d.C.) per giungere fino ai giorni nostri.
L’attestazione documentaria più antica della chiesa risale al 1599, quando Monsignor Alonso Laso Sedeno (arcivescovo di Cagliari) redigette un decreto in cui veniva chiaramente indicato che la parrocchia era dedicata a San Giovanni, con le chiese filiali di San Sebastiano, Sant’Antonio, Santa Lucia, Santa Barbara, Sant’Andrea. Fino al 1885 presso la parrocchia di San Giovanni era situato il cimitero, ma in adempienza della legge civile del 20 Marzo 1865, anche il comune di San Sperate si dotò di un cimitero proprio extra moenia. L’ultimo speratino a trovarvi requie eterna fu Raffaele Lixi nel 1885. Una deroga alla stringente normativa venne effettuata in seguito alla terribile inondazione de S’Unda Manna, avvenuta il 21 Ottobre 1892 in cui trovarono la morte 90 speratini: tutte le vittime furono sepolte nel cortile della chiesa di San Giovanni. A memoria dell’evento, nel 1972 fu realizzata una targa marmorea commemorativa attualmente posta sopra l’ingresso laterale della chiesa.
