Sicuramente, come luogo di culto ebraico, già esisteva quando Cagliari, conquistata dai Catalano Aragonesi, divenne nel 1326 la capitale del Regno di Sardegna ed ospitò una fiorente comunità semita. Nel 1492 gli Ebrei furono espulsi da tutti gli Stati della Corona di Spagna, compreso il Regno di Sardegna, e la sinagoga di Cagliari fu prima sigillata e poi subito reimpostata come chiesa cattolica dedicata alla Santa Croce. Dal XVI secolo fu officiata dalla Compagnia di Gesù, l’Ordine religioso fondato nel 1534 da Sant’Ignazio di Loyola. L’edificio, semplice, venne ampliato nel corso del XVII secolo su progetto dell’architetto Giandomenico da Verdina. Fu completato nel 1661 grazie alla generosità dei Brondo, marchesi di Villacidro, come si evince dall’iscrizione posta sulla facciata sotto lo scudo araldico della famiglia. Cinquantatré anni dopo il passaggio del Regno di Sardegna alla Casa Savoia, nel 1773 i Gesuiti furono sciolti dal papa Clemente XIV, e la chiesa passò nelle mani dello Stato fino a quando, nel 1809, il re Vittorio Emanuele I l’assegnò all’Ordine cavalleresco dei Santi Maurizio e Lazzaro, facendola elevare al rango di basilica magistrale. Nel 2004 è nata la Fondazione Ordine Mauriziano, che in tempi recenti ha affidato la basilica all’Arcidiocesi di Cagliari perché potesse essere nuovamente officiata dopo anni di restauro. Nel 2018 l’arcivescovo di Cagliari, in applicazione delle disposizioni di papa Benedetto XVI emanate col motu proprio Summorum Pontificum il 7 luglio 2007, ha istituito la Parrocchia di Santa Croce, individuando come sede per essa appunto la Basilica Santa Croce: da questa data la basilica è officiata col rito romano usus antiquior (cioè nella forma più antica).
