È una delle chiese più antiche di Cuglieri. La prima notizia certa risale agli inizi del XIV secolo, quando venne consacrato l’altare maggiore dedicato al Battista, sembrerebbe il 23 maggio 1311. Venne massicciamente ristrutturata nei primi anni dell’800 poiché in stato di grave decadenza, anche per intervento del feudatario don Alberto Genovés; dal 1862 è sede dell’omonima confraternita, tuttora esistente, il cui abito è caratterizzato dal particolare cappello rosso a foggia di saturno.
Agli inizi degli anni Trenta del Novecento la chiesa fu elevata in rettoria ed affidata, con le sue pertinenze, ai padri Gesuiti del Seminario Regionale, con finalità di tipo pastorale. In quegli anni si edificò il nuovo altare maggiore e gli antichi altari di Santa Filomena e San Cristoforo vennero dedicati rispettivamente alla Madonna di Lourdes e al Sacro Cuore di Gesù. Nella cappella della Vergine del Miracolo si venera una piccola ma pregevole tela attribuita al pittore Giovanni Marghinotti. Alcuni dei locali annessi sono oggi sede del gruppo Scout di Cuglieri.
