La chiesa di San Carlo sorse sul sedime di diversi edifici presistenti, ultimo dei quali l’Oratorio dei santi Filippo e Giacomo apostoli, eretto da Alberto Schiatti dopo il sisma del 1570. Il nuovo tempio venne dedicato, come in tanti all’inizio del ‘600, al cardinale Carlo Borromeo e la costruzione fu affidata a Giovanni Battista Aleotti, detto l’Argenta. le sue aspirazioni era Palladio, Serlio, il Vignola, Michelangelo, Raffaello, Bramante. La chiesa risultò rivoluzionaria in città, sia per la pianta ellittica, tipica del linguaggio architettonico protobarocco, sia per la decorazione interna. di notevole interesse è l’affresco sul soffitto – dipinto del ferrarese Giuseppe Avanzi, coadiuvato da Giuseppe Menegatti – che rappresenta la Madonna in gloria e i Santi Carlo Borromeo e Maurelio. La chiesa, chiusa a causa dei danni procurati dal sisma del 2012, venne aperta per l’edizione di monumenti aperti del 2017.