Dal punto di vista architettonico l’edificio simboleggia una nave ormeggiata in porto, in ragione sia del contesto urbano portuale nel quale l’opera si inserisce sia nel ruolo storico e culturale di Olbia. I reperti archeologici illustrano l’intera vicenda storica della città antica e del territorio circostante, dalla preistoria al XIX secolo, con particolare riferimento alle fasi più ricche di documentazione storica e archeologica: fenicia, greca, punica e romana. Elemento di particolare interesse è l’esposizione di tre dei 24 relitti di navi romane e medievali, rinvenuti nello scavo del tunnel sotto il lungomare. I timoni e gli alberi di nave d’età romana, visibili anch’essi nella sala dei relitti, sono gli unici al mondo fruibili in un museo.
