In origine si trattava di una piccola chiesa campestre o comunque di un luogo dedicato alla preghiera. All’inizio del XVII è occupata dai Frati Minimi di San Francesco di Paola.
Nel 1643 le cronache parlano di un terribile temporale che distrusse quasi completamente la chiesa. Riedificata dai Padri Scolopi, il 25 marzo 1645 venne intitolata alla Vergine Annunciata. Nel 1700 si presenta l’esigenza di costruire la sede per il noviziato: in tale occasione offre il proprio contributo pecuniario anche il re di Spagna, Carlo II.
Nel 1855 gli Scolopi lasciarono L’Annunziata e il noviziato fu utilizzato come caserma dei Carabinieri e la chiesa si chiuse sino al 1871, anno in cui divenne succursale della parrocchia di Sant’Anna. I Minori Conventuali si stabilirono solo nel 1911 e la chiesa divenne autonoma nel 1916. Gli Scolopi lasciarono numerosi arredi sacri e fra questi la pala d’altare di Giovanni Marghinotti dipinta nel 1833 su commissione del Marchese Manca di Villahermosa. L’altare laterale destro dedicato a S. Giuseppe Calasanzio, fu eretto nel 1849 dallo scolopio Fra Giuseppe Manca. Una bella pisside porta il punzone con lo stemma degli Scolopi con la data del 1674. All’interno della chiesa si trova un interessante dipinto a olio che ritrae L’Annunciata. Quest’opera fu ritrovata nel 1654 da Fra Pietro della Croce, scolopio, nella cantina dell’Istituto di San Giuseppe in castello. E’ un’opera di gusto spagnoleggiante e tuttora in fase di studio. Un breve cenno spetta all’altare maggiore per il quale si iniziò la collocazione dei blocchi di marmo nel 1933. Il disegno fu dell’artista Gina Baldacchini di Perugia, la stessa che dipinse a tempera, decorò con stucchi dorati la volta della chiesa, tale opera venne eliminata completamente a causa di infiltrazioni d’acqua, in occasione del restauro della muratura nel 1984. Nello stesso periodo, all’interno del chiostro è stata rinvenuta una cisterna romana.
