Il complesso architettonico di San Giuseppe, comprende la Chiesa e l’ex Collegio, fu sede fin dal 1640 del “primo Ostello” dei religiosi e successivamente delle antiche “Scuole Pie”, la cui nascita si deve al presbiterio spagnolo Giuseppe Calasanzio. I lavori di costruzione, avviati a partire dal 1663, proseguirono fino al 1700 e, dopo vent’anni di interruzione a causa delle guerre di Successione spagnola, verranno ripresi nel 1720, per concludersi nel 1735. In questa chiesa emergono connotati formali tipici dell’architettura religiosa della Controriforma che si rifanno all’esempio della chiesa del Gesù a Roma. L’organismo architettonico si sviluppa in senso longitudinale tra le vie S. Giuseppe, Genovesi e Università, a ridosso della torre dell’Elefante. La pianta della chiesa presenta un corpo longitudinale a navata unica, con volta a botte. I suoi prospetti appaiono variamente articolati per il dislivello esistente tra le strade che la delimitano. La facciata, introdotta da una breve scala asimmetrica, risulta piatta, modulata dalle sole lesene con capitelli di ordine ionico. Il portale è sovrastato da un timpano a cornice curva spezzata, con all’interno lo stemma degli Scolopi, mentre al di sopra del timpano si trova un vano cieco che contiene una piccola finestra. All’interno si trovano l’imponente altare maggiore in marmi policromi, risalente al 1777, opera dello scultore Giovanni Battista Franco, il pulpito e la balaustra del presbiterio anch’essi marmorei e presumibilmente coevi. Nel corso del XVIII secolo subì numerosi bombardamenti: nel 1708, nel 1717 e nel 1793, durante l’assedio della città da parte delle truppe francesi: è conservata all’interno della Chiesa una delle bombe cadute sul Collegio, con una lapide commemorativa incastonata in uno dei piedritti. La chiesa è proprietà del F.E.C. Ministero degli Interni.
Nel 1943 la chiesa subì danni gravissimi nel prospetto, nelle cappelle e nelle coperture che furono ripristinati a cura del Genio Civile tra il 1948 e il 1952.
