L’edificio, attualmente, presenta una facciata segnata da una cornice a doppia inflessione e muratura a vista. È costituita da un’unica navata, sicuramente secentesca, con lesene interne destinate a sostenere gli archi traversi della copertura, che sono rimaste interrotte al livello dei capitelli. Nella parte destra della facciata si trova una placca di ferro posta dall’Istituto Geografico Militare che indica la quota altimetrica di Siliqua a 66 metri sul livello del mare e la scritta caposaldo di livellazione dell’Istituto Geografico Militare. In origine aveva una struttura molto più articolata che può essere ricostruita tramite l’inventario del 1761. “Ad oriente della Villa vi è la chiesa dedicata a San Sebastiano, la quale è costituita da tre navate di ordinaria fattura con un tetto di tavole e tegole, con due porte, una grande nella parte anteriore e un’altra piccola dal lato dell’epistola. È larga 42, lunga 42 e alta 12 palmi. Non ha che un altare con la sua nicchia, vetrata e velo e un retablo; in questo vi sono dipinti un Santo Cristo, San Sebastiano e Santa Giuliana, e nella nicchia vi si trova l’immagine di detto San Sebastiano; la cui festa si celebra il 20 gennaio, e il terzo martedì di settembre a spese della Comunità’’. La tettoia esisteva ancora ai primi del Novecento.