Il convento delle monache di Santa Chiara venne edificato agli inizi del secolo XIV nelle pendici occidentali della collina di Castello. L’esistenza del convento è attestata da due documenti: la prima testimonianza risale al 1328, anno in cui il re aragonese Alfonso III concesse alle monache una quantità annuale di grano per il loro sostentamento. Nel 1353 una lettera del padre provinciale Bernardo Bruni nomina il monastero con la più antica denominazione a Santa Margherita.
La chiesa risale, nella sua attuale sistemazione, alla fine del XVII secolo, come dimostrano sia l’impianto architettonico, sia l’iscrizione “S. MARGARITA V.M. 1690” posta all’esterno, sull’architrave della porta laterale. La soglia della chiesa è costituita da una lastra tombale decorata con motivi araldici. La balaustra della cantoria, dalla quale le monache potevano partecipare alle funzioni religiose, è ornata da uno stemma nobiliare sorretto da due angeli. L’altare ligneo, di gusto squisitamente barocco, che occupa la parete di fondo, ospita nella nicchia centrale la statua della Madonna di Loreto.
Nel corso dei lavori di restauro effettuati negli anni Ottanta sono venute alla luce le fondazioni della chiesa trecentesca e alcune tombe a cassone fasciate. Alcune vestigia del campanile del convento sono visibili sul lato nord della chiesa.
