Fu autorizzato con concessione di Carlo I D’Angiò nel 1283 destinando una parte delle terre del vicino Monastero delle Benedettine ai Padri Francescani per la costruzione del loro convento e della chiesa. Quest’ultima ebbe una storia travagliata a causa del Capitolo della Cattedrale che si vedeva sottratte le entrate della quarta funeraria (tassa di sepoltura) dei nobili che si facevano seppellire nella cattedrale, arrivando a rubare i feretri durante le processioni funebri. Sotto il titolo di Santa Maria Maddalena penitente, il convento bitontino divenne uno dei più importanti della Provincia, con cattedra di teologia, oratoria e lettere e successivamente vi si istituì anche l’Archivio e Biblioteca Diocesani. L’Ordine dei Frati Francescani Conventuali fu soppresso nel 1809 da Re Gioacchino Murat e il convento fu destinato a sede Comunale. Con il ritorno dei Borboni a Napoli il 1818 venne ripristinato l’ordine francescano, che fu poi definitivamente soppresso nel 1866.
Nel 1885 il Comune di Bitonto stabilì la destinazione del Convento ad edificio scolastico. Ora il convento è sede del Museo Diocesano Mons. Aurelio Marena, il più grande Museo diocesano del sud-Italia.
