Il santuario di Bonaria sede dell’ordine dei Mercedari, preposto alla redenzione degli schiavi, è noto per il simulacro ligneo della Madonna, che secondo la tradizione approdò prodigiosamente sulla spiaggia di Bonaria nel 1370. I doni offerti dai fedeli alla Madonna di Bonaria, soprattutto ex voto, costituiscono oggetto di una raccolta museale nei locali attigui al santuario.
Nella prima sala sono raccolte le testimonianze archeologiche dl colle di Bonaria. Frequentato nel prenuragico e noto ai Fenici, il colle ospitò una necropoli tardopunica e romana. Vi è inoltre ricostruita la storia del Castello di Bonaria e dell’ordine della B.V. Maria della Mercede, presente in Sardegna si dagli inizi del 1300. Nel corridoio sul chiostro sono esposti quadretti votivi principalmente di tema marinaresco, risalenti al XVIII-XIX sec. ed ex voto donati da fedeli scampati alla schiavitù o al naufragio. Lungo il corridoio è apprezzabile la parte superiore di una cisterna scavata nella roccia, con volta a botte, utilizzata dai frati del convento fino agli inizi del secolo scorso. Nella seconda sala sono esposti i più antichi e preziosi modelli navali di cui è ricco il santuario (attualmente se ne contano circa 150). Essi costituiscono una importante antologia della storia dell’arte navale, dall’età delle galere a quella dell’introduzione del vapore e delle innovazioni adottate dalle navi più moderne. I modellini di vascelli esposti nel museo sono quasi tutti di pregevole fattura artigianale. In questa stessa sala sono visibili anche i corpi mummificati di alcuni membri della famiglia degli Alagon, morti di peste nel 1605 e sepolti nelle adiacenze del santuario.
Troviamo infine l’àncora d’argento offerta dalla regina Margherita nel 1899 per il felice esito della spedizione al Polo Nord, guidata dal figlio, il duca degli Abruzzi, con la nave “Stella Polare”. Nella terza sala sono esposti il tesoro del santuario e preziosi arredi sacri offerti da sovrani e personalità illustri. Tra questi le corone d’oro donate dal re Carlo Emanuele I e dalla consorte, ricchissimi paramenti offerti da nobildonne e i doni dei papi Pio XI e Paolo VI.
Durante i bombardamenti del 1943 la basilica subì danni soprattutto alla cupola, ripristinata dopo la guerra quando fu ripresa e terminata la fabbrica di origine settecentesca.
