L’accesso alla Cripta è situato all’esterno della Cattedrale, in Piazza Duomo, accanto alla rampa destra di accesso alla Chiesa; il secondo è situato all’estremità della navata di sinistra, interno alla Chiesa e poco praticabile.
La Cripta è articolata in quindici crociere, poggianti su dieci colonne e dodici pilastri sporgenti dai muri perimetrali.
La Cripta era luogo di sepoltura per i nobili. Sulla parete est della Cripta è incastonata una lastra tombale del 1386 che racchiude le spoglie del nobile giovinazzese Antonio Sindolfi. Altre lastre tombali sono presenti sul pavimento e sulle pareti.
