Il cosiddetto palazzo di Giulio d’Este fu edificato alla fine del XVI secolo.
Secondo la tradizione, fu fatto costruire direttamente dal duca Ercole I per il figlio illegittimo Giulio, nato dalla relazione con Isabella Arduini ma cresciuto a corte come un rampollo a tutti gli effetti.
Edificato quando Giulio era giovanissimo, fu da lui abitato solo i primissimi anni fino al 1506 e poi a partire dal 1559. La storia del palazzo è indissolubilmente legata a quella di Giulio, rivale in amore del fratellastro, il cardinale Ippolito, contro cui ordì una congiura fallita e da cui, per vendetta, fu poi fatto ferire gravemente e imprigionare per 53 anni nelle segrete del Castello.
Dal 1932 il palazzo è di proprietà della Provincia di Ferrara che, con recentissimi lavori di restauro, ha restituito continuità e coerenza agli spazi e alle decorazioni.
Il palazzo è sede della Prefettura.
