La chiesa di Nostra Signora della Misericordia, sede dell’omonima confraternita, fu ultimata nel 1654. La chiesa, mononavata, è suddivisa in tre campate rettangolari voltate a crociera. Il crollo della volta, nel 1818, comportò la ricostruzione della chiesa, conclusasi entro il 1823: a quest’epoca data il vano absidale, di schema semicircolare, coperto con volta lunettata a quarto di sfera. L’altare maggiore, eretto nel 1811, ospita la statua lignea della Vergine, di bottega napoletana della fine del Seicento. Appartengono alla stessa scuola, ma risalgono al secondo quarto del Seicento, i simulacri del Cristo Risorto e della Madonna dell’Incontro. Di rilevante importanza è un Crocifisso di ambito spagnolo degli inizi del XVII secolo, che si porta in processione durante la Settimana Santa. Il venerato Santcristus de la Misericordia è pervenuto ad Alghero nel 1606, a seguito del naufragio di un veliero salpato da Alicante.