Ricordata nel 1119 col nome di Santa Lucia di Civita, sorgeva un secolo prima della fondazione del Castello pisano presso l’insediamento mercantile portuale di Cagliari, allora detto Bagnaria. La chiesa, concessa in quella data ai monaci di San Vittore di Marsiglia insediati nell’abbazia di San Saturno, era parte di un articolato sistema monumentale, luogo notevole presso il mare, al tempo vicino all’attuale linea dei portici. Della sua fase medievale non conosciamo la forma esatta, forse modificata a seguito del ridisegno urbanistico dell’area bassa del quartiere Lapola, nel primo Trecento riformato per iniziativa aragonese tramite un reticolo di strade ortogonali. Il monumento, oggi ridotto alle cappelle di destra e a parte del presbiterio, testimonia la radicale ricostruzione databile tra la fine del Cinquecento e i primi anni del Seicento. Altre chiese della città, tra le quali Santa Restituta e Santa Caterina, furono riedificate in quegli anni con analoghe forme. I numerosi rifacimenti di arredi e pavimentazioni, evidenziati dalla campagna archeologica in atto, confermano la centralità culturale della chiesa; nel Museo di Sant’Eulalia si conserva una parte del ricco patrimonio di opere d’arte, arredi marmorei e argenti, frequentemente oggetto di donazioni e commissionati ad importanti artisti come Scipione Aprile (1600) o Giovanni Battista Franco (1802). La fortuna del monumento declina progressivamente durante l’Ottocento.
Nonostante i lievi danni causati dai bombardamenti del 1943, fu intenzionalmente demolito nel 1947 al mine di ottenere un finanziamento statale dedicato alle ricostruzioni post belliche. Il Piano di Ricostruzione prevedeva la parziale demolizione della chiesa e l’allargamento della stretta via Sardegna e una piazza, riprendendo alcune indicazioni del Piano Regolatore redatto dall’architetto Gaetano Cima nel 1858.
Dal 2002 l’area di Santa Lucia è interessata da un articolato programma di recupero. Sistematiche ricerche di archivio stanno restituendo nuova dignità all’architettura tardo rinascimentale; la campagna archeologica in atto sta mettendo in evidenza la pianta della chiesa e registrando dati nuovi sul monumento, tra cui pavimenti di varie epoche, un pozzo obliterato, sepolture presso l’altare, una cripta e una “cisterna”.
