Il castello viene edificato dal 1385, attorno all’esistente Torre dei Leoni, come fortilizio in seguito a una rivolta della stessa popolazione ferrarese contro la signoria estense.
Nei secoli, l’edificio cresce di importanza e perde in parte la funzione difensiva, divenendo la dimora dei duchi Estensi, collegata al Palazzo Ducale attraverso un passaggio che progressivamente acquisisce il ruolo di un vero e proprio edificio: la cosiddetta Via Coperta, ai cui piani superiori il duca Alfonso I fa costruire decorare i suoi famosi “camerini”.
La Via Coperta si affaccia sul muretto e sul tratto del corso in cui avviene il tristemente celebre “eccidio del Castello”, perpetrato nella notte del 15 novembre 1943, quando i fascisti uccidono per vendetta, fucilandole, undici persone innocenti.
La strage diventa protagonista di un racconto di Giorgio Bassani e del celebre film “La lunga notte del ‘43” di Florestano Vancini.
La cosiddetta Via Coperta è il risultato di tre fasi architettoniche volute da Ercole I d’Este, sua moglie Eleonora d’Aragona e dal loro iglio Alfonso I d’Este, e succedutesi tra il 1470 e il 1520. Il fabbricato costituisce l’ala di collegamento tra il Castello Estense e il Palazzo Ducale, ossia tra quella che era diventata la residenza dei duchi al tempo di Ercole e il palazzo in cui si amministrava il potere. L’ediicio si compone del corridoio di collegamento che dal primo piano del Palazzo Municipale arriva al cortile del Castello (fatto costruire da Ercole), dell’alto corpo di fabbrica costruito sul fossato e addossato alla Torre di San Michele (voluto da Eleonora come complemento ai suoi appartamenti) e dalla parte alta del “ponte” tra Piazza Savonarola e Piazza Castello, usato da Alfonso I come appartamento e studiolo ducale. Oggi, dopo anni in cui l’antico appartamento di Alfonso è stato adattato a residenza del Prefetto, la Via Coperta è stata integrata nel percorso museale ed è stata tentata una ricostruzione, o meglio una suggestione, di quella che era l’originaria vocazione di una parte della struttura, ossia i “camerini d’alabastro”. Come ognuno dei duchi precedenti, anche Alfonso si fece costruire il suo appartamento personale: i Camerini erano l’appartamento segreto, con accessi diicili e protetti, e un apparato decorativo che, prima dei restauri degli anni Duemila, era nascosto da superfetazioni e molto frammentato. I Camerini erano uno degli insiemi decorativi più completi e celebri del Rinascimento, alla stregua dello studiolo di Federico da Montefeltro a Urbino: nati per compiacere il gusto rainato del Duca – la corte estense non fu tra le più potenti ma di certo tra le più colte del Rinascimento italiano – erano costruiti e decorati con materiali preziosi e riccamente lavorati. Alle decorazioni pittoriche su tela lavorarono Tiziano, Dosso Dossi, il Gianbellino. Vi era poi il celebre Camerino dei marmi, per cui il Duca chiamò lo scultore Antonio Lombardo a realizzare dei bassorilievi in marmo bianco (oggi conservati al Museo dell’Ermitage a San Pietroburgo).