La storia del Liceo Manno è strettamente legata alla storia della chiesa di San Michele, affidata, nel 1588, dal vescovo Andrea Baccalar, alla Compagnia dei Gesuiti. Furono, infatti, i Gesuiti ad istituire la prima scuola pubblica ad Alghero nel 1588. La posa della prima pietra avvenne l’11 Novembre 1589. Contribuirono alla fondazione del collegio gesuitico le donazioni del canonico Gavino Sarrovida e di Gerolamo Ferret. Per più di due secoli, attorno alla chiesa di San Michele, si formò il polo culturale della Città. Nel 1848 il Regno Sabaudo emanò le prime leggi organiche di riforma degli studi superiori che portarono all’adozione nel 1859 della Legge Casati, con la quale si istituiva la Scuola Superiore Statale. Nel 1860 viene istituito il Regio Ginnasio con contributo statale, e da allora fu dichiarato Governativo. Nel 1887 viene intitolato allo storico e letterato Giuseppe Manno.